Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
DKK3Q9UBP4 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
DKK3Q9UBP4 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.3 ms