Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC29.61■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC29.6■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC29.59■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC29.59■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
USP47Q96K76 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC29.56■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC29.56■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC29.55■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC29.51■■■□□ 2.32
USP47Q96K76 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms