Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SYNE3Q6ZMZ3 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms