Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
USF3Q68DE3 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
USF3Q68DE3 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.3 ms