Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
VPS53Q5VIR6 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS53Q5VIR6 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS53Q5VIR6 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms