Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC36.87■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.87■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 CLDN3-201ENST00000395145 1274 ntAPPRIS P1 BASIC36.87■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC36.87■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC36.87■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC36.87■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC36.86■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC36.86■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC36.86■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC36.86■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC36.86■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.85■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC36.85■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC36.85■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC36.85■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC36.84■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC36.84■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 ACYP2-207ENST00000606082 713 ntTSL 5 BASIC36.84■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.84■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.84■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.84■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC36.83■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC36.83■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.83■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC36.83■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.82■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC36.82■■■■□ 3.49
CCDC88BA6NC98 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC36.82■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC36.82■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC36.81■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.81■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.81■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.81■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC36.81■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC36.81■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC36.81■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC36.81■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC36.81■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC36.81■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC36.81■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC36.8■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC36.8■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.8■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC36.8■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC36.8■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.79■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC36.79■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC36.79■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.79■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 CERS4-209ENST00000559450 1637 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.79■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC36.79■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC36.78■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC36.78■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC36.77■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC36.77■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC36.77■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC36.77■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC36.77■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.77■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC36.76■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.76■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC36.76■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC36.76■■■■□ 3.48
CCDC88BA6NC98 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.76■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC36.76■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.76■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.75■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC36.75■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC36.75■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC36.75■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC36.75■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.75■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC36.75■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC36.75■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC36.75■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.75■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC36.74■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC36.74■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC36.74■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
CCDC88BA6NC98 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.2 ms