Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQ69

LHX9, LIM/homeobox protein Lhx9, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX9Q9NQ69 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC20.27■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC20.27■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC20.27■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
LHX9Q9NQ69 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
LHX9Q9NQ69 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms