Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC3Q9BQI4 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC3Q9BQI4 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.2 ms