Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
CCDC140Q96MF4 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC140Q96MF4 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms