Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHMP4CQ96CF2 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP4CQ96CF2 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms