Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC18.6■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
SKA3Q8IX90 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
SKA3Q8IX90 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44 ms