Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC21.31■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC21.3■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC21.28■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC21.28■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 FAM21FP-204ENST00000608637 956 ntBASIC21.28■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
TNFRSF4P43489 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
TNFRSF4P43489 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
TNFRSF4P43489 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TNFRSF4P43489 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TNFRSF4P43489 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TNFRSF4P43489 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TNFRSF4P43489 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
TNFRSF4P43489 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TNFRSF4P43489 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TNFRSF4P43489 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TNFRSF4P43489 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TNFRSF4P43489 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TNFRSF4P43489 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.4 ms