Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	YLR108C	YLR108C	1458 nt		3.36	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	TGL2	YDR058C	981 nt		3.36	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	PHM6	YDR281C	315 nt		3.36	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	MAM1	YER106W	909 nt		3.36	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	RPL23B	YER117W	414 nt		3.36	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	CGR1	YGL029W	363 nt		3.36	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	PPX1	YHR201C	1194 nt		3.36	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	ANB1	YJR047C	474 nt		3.36	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	NNF1	YJR112W	606 nt		3.36	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YBR090C	YBR090C	369 nt		3.36	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	RTT109	YLL002W	1311 nt		3.36	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	MIP6	YHR015W	1980 nt		3.36	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	AUS1	YOR011W	4185 nt		3.36	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	ROG1	YGL144C	2058 nt		3.35	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	SMI1	YGR229C	1518 nt		3.35	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	URK1	YNR012W	1506 nt		3.35	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	PRP22	YER013W	3438 nt		3.35	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YFR010W-A	YFR010W-A	189 nt		3.35	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	PDX1	YGR193C	1233 nt		3.35	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YHL002C-A	YHL002C-A	489 nt		3.35	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	POG1	YIL122W	1056 nt		3.35	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	PIR1	YKL164C	1026 nt		3.35	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YLR217W	YLR217W	324 nt		3.35	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	RAD33	YML011C	534 nt		3.35	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	BET5	YML077W	480 nt		3.35	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YOR203W	YOR203W	354 nt		3.35	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	ARL3	YPL051W	597 nt		3.35	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	REB1	YBR049C	2433 nt		3.34	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	EBS1	YDR206W	2655 nt		3.34	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	RGC1	YPR115W	3252 nt		3.34	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	ERP3	YDL018C	678 nt		3.34	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YDR042C	YDR042C	603 nt		3.34	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	SEC4	YFL005W	648 nt		3.34	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YKL065W-A	YKL065W-A	222 nt		3.34	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	PBA1	YLR199C	831 nt		3.34	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	RRG7	YOR305W	729 nt		3.34	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	RPS12	YOR369C	432 nt		3.34	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	YOR296W	YOR296W	3870 nt		3.34	□□□□□ -1.87
SHP1	P34223	ESC2	YDR363W	1371 nt		3.34	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	NUR1	YDL089W	1455 nt		3.34	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YKL222C	YKL222C	2118 nt		3.34	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	PIG2	YIL045W	1617 nt		3.33	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	AEP2	YMR282C	1743 nt		3.33	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	FAP7	YDL166C	594 nt		3.33	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YDR203W	YDR203W	318 nt		3.33	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	MRPL9	YGR220C	810 nt		3.33	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	DOG2	YHR043C	741 nt		3.33	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YHR214C-E	YHR214C-E	300 nt		3.33	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YAR070C	YAR070C	300 nt		3.33	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YOR331C	YOR331C	558 nt		3.33	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	KAR4	YCL055W	1008 nt		3.33	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	TLC1	TLC1	1301 nt		3.33	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	ARP4	YJL081C	1470 nt		3.33	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	ERT1	YBR239C	1590 nt		3.33	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	NUP159	YIL115C	4383 nt		3.33	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	PIN4	YBL051C	2007 nt		3.32	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	EMC1	YCL045C	2283 nt		3.32	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	MTR4	YJL050W	3222 nt		3.32	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YGR115C	YGR115C	780 nt		3.32	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YOR152C	YOR152C	771 nt		3.32	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	PEX27	YOR193W	1131 nt		3.32	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	ESA1	YOR244W	1338 nt		3.32	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YJL049W	YJL049W	1353 nt		3.32	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	ALG8	YOR067C	1734 nt		3.32	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	NGG1	YDR176W	2109 nt		3.32	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	FRE4	YNR060W	2160 nt		3.32	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YPP1	YGR198W	2454 nt		3.32	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	POL3	YDL102W	3294 nt		3.32	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	RPN2	YIL075C	2838 nt		3.31	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	BCH1	YMR237W	2175 nt		3.31	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YDL180W	YDL180W	1644 nt		3.31	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	SPA2	YLL021W	4401 nt		3.31	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	AI3	Q0060	1248 nt		3.31	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YFL065C	YFL065C	309 nt		3.31	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YLR050C	YLR050C	486 nt		3.31	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	BUR2	YLR226W	1188 nt		3.31	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	GIS2	YNL255C	462 nt		3.31	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YNR025C	YNR025C	360 nt		3.31	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	VAS1	YGR094W	3315 nt		3.31	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	RAD18	YCR066W	1464 nt		3.3	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	CAF130	YGR134W	3369 nt		3.3	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	VPS9	YML097C	1356 nt		3.3	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YDR431W	YDR431W	312 nt		3.3	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	MFA1	YDR461W	111 nt		3.3	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YER158W-A	YER158W-A	216 nt		3.3	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YPT52	YKR014C	705 nt		3.3	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	NNT1	YLR285W	786 nt		3.3	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YBL028C	YBL028C	321 nt		3.3	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	RLP7	YNL002C	969 nt		3.3	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	POL30	YBR088C	777 nt		3.3	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	ARL1	YBR164C	552 nt		3.3	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	POP7	YBR167C	423 nt		3.3	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	HEH2	YDR458C	1992 nt		3.3	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	SLM2	YNL047C	1971 nt		3.3	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	CPA2	YJR109C	3357 nt		3.3	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	ERB1	YMR049C	2424 nt		3.3	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	CST9	YLR394W	1449 nt		3.29	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	SMC3	YJL074C	3693 nt		3.29	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	YPD1	YDL235C	504 nt		3.29	□□□□□ -1.88
SHP1	P34223	UBC13	YDR092W	462 nt		3.29	□□□□□ -1.88

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