Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
HOXD9P28356 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
HOXD9P28356 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms