Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
SNHG28P0DPA3 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SNHG28P0DPA3 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms