Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USF3Q68DE3 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms