Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.68
VPS53Q5VIR6 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
VPS53Q5VIR6 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms