Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
SCN9AQ15858 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms