Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SF3A1Q15459 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SF3A1Q15459 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
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