Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USF3Q68DE3 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
USF3Q68DE3 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.6 ms