Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.8 ms