Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL5A3P25940 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC27.08■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL5A3P25940 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms