Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CCDC87Q9NVE4 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 IRX5-204ENST00000560154 879 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 IRX5-205ENST00000620085 881 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
CCDC87Q9NVE4 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms