Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 UNC5B-201ENST00000335350 6841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
DDX28Q9NUL7 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms