Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
CHMP4AQ9BY43 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP4AQ9BY43 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms