Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP4Q13107 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
USP4Q13107 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP4Q13107 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP4Q13107 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP4Q13107 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP4Q13107 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP4Q13107 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
USP4Q13107 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP4Q13107 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP4Q13107 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
USP4Q13107 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP4Q13107 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
USP4Q13107 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP4Q13107 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
USP4Q13107 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP4Q13107 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
USP4Q13107 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP4Q13107 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP4Q13107 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
USP4Q13107 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP4Q13107 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP4Q13107 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP4Q13107 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP4Q13107 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
USP4Q13107 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP4Q13107 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
USP4Q13107 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP4Q13107 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP4Q13107 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP4Q13107 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP4Q13107 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
USP4Q13107 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP4Q13107 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP4Q13107 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP4Q13107 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP4Q13107 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP4Q13107 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP4Q13107 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP4Q13107 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP4Q13107 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
USP4Q13107 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP4Q13107 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP4Q13107 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP4Q13107 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
USP4Q13107 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP4Q13107 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP4Q13107 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP4Q13107 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP4Q13107 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP4Q13107 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP4Q13107 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP4Q13107 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP4Q13107 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP4Q13107 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP4Q13107 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP4Q13107 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP4Q13107 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP4Q13107 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP4Q13107 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
USP4Q13107 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
USP4Q13107 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
USP4Q13107 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
USP4Q13107 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC22.2■■□□□ 1.15
USP4Q13107 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP4Q13107 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP4Q13107 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
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