Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SMARCA1P28370 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SMARCA1P28370 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms