Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms