Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
PCIF1Q9H4Z3 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms