Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
SNHG28P0DPA3 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.4 ms