Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
CCDC88BA6NC98 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC37.45■■■■□ 3.59
CCDC88BA6NC98 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC37.45■■■■□ 3.59
CCDC88BA6NC98 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC37.45■■■■□ 3.59
CCDC88BA6NC98 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC37.45■■■■□ 3.59
CCDC88BA6NC98 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.45■■■■□ 3.59
CCDC88BA6NC98 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC37.44■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.44■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC37.44■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.44■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC37.44■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC37.43■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC37.43■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC37.43■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC37.43■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.43■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.43■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC37.43■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC37.42■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.42■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC37.42■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.42■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC37.42■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.41■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC37.41■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.39■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC37.39■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC37.39■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC37.39■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.39■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC37.39■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC37.39■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC37.39■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC37.39■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC37.39■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.58
CCDC88BA6NC98 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC37.38■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC37.38■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC37.38■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.38■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC37.37■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC37.37■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.37■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC37.37■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC37.37■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC37.37■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC37.36■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC37.36■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC37.36■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC37.36■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC37.36■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.36■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC37.35■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC37.35■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.34■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.34■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC37.34■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC37.34■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC37.34■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC37.34■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.33■■■■□ 3.57
CCDC88BA6NC98 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms