Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZN17

LIN28B, Protein lin-28 homolog B, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 250 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIN28BQ6ZN17 PSMD5-AS1-201ENST00000458394 884 ntTSL 26.17□□□□□ -1.429e-10■■■■■ 31.7
LIN28BQ6ZN17 PSMD5-AS1-203ENST00000589026 525 ntTSL 5 BASIC5.16□□□□□ -1.589e-10■■■■■ 31.7
LIN28BQ6ZN17 CNBP-202ENST00000441626 1040 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.182e-9■■■■■ 31.7
LIN28BQ6ZN17 CNBP-206ENST00000502372 1026 ntTSL 512.13□□□□□ -0.472e-9■■■■■ 31.7
LIN28BQ6ZN17 MFSD10-203ENST00000503596 1589 ntTSL 522.34■■□□□ 1.173e-6■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.063e-6■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.063e-6■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.053e-6■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 MFSD10-205ENST00000507555 1573 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.983e-6■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 MFSD10-202ENST00000355443 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.813e-6■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 MFSD10-204ENST00000507272 1575 ntTSL 517.18■□□□□ 0.343e-6■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 MFSD10-208ENST00000509676 1178 ntTSL 516.98■□□□□ 0.313e-6■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 LATS2-201ENST00000382592 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.51□□□□□ -0.097e-7■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.656e-7■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.426e-7■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.196e-7■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 TTBK2-201ENST00000267890 10905 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC4.93□□□□□ -1.626e-7■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 FZD4-201ENST00000531380 7383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.074e-8■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.228e-7■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.638e-7■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.388e-7■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 NGLY1-205ENST00000417874 2062 ntTSL 2 BASIC14.35□□□□□ -0.118e-7■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 NGLY1-214ENST00000493324 3058 ntTSL 212.34□□□□□ -0.438e-7■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 NGLY1-203ENST00000308710 2086 ntTSL 1 (best)9.03□□□□□ -0.968e-7■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 NGLY1-201ENST00000280699 1897 ntTSL 57.7□□□□□ -1.188e-7■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 PSME3-212ENST00000591722 537 ntTSL 219.92■□□□□ 0.782e-7■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 PSME3-215ENST00000592578 549 ntTSL 416.48■□□□□ 0.232e-7■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.972e-8■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.61■□□□□ 0.732e-8■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.672e-8■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 TINAGL1-208ENST00000480586 926 ntTSL 218.53■□□□□ 0.562e-8■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 TINAGL1-204ENST00000463112 3075 ntTSL 216.84■□□□□ 0.292e-8■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 TINAGL1-209ENST00000481165 4759 ntTSL 215.07■□□□□ 02e-8■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 TINAGL1-210ENST00000498429 904 ntTSL 313.82□□□□□ -0.22e-8■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 MRPL1-201ENST00000315567 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.9□□□□□ -0.982e-8■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 MRPL1-202ENST00000502384 898 ntTSL 55.68□□□□□ -1.52e-8■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 MRPL1-204ENST00000506674 832 ntTSL 54.98□□□□□ -1.612e-8■■■■■ 31.6
LIN28BQ6ZN17 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.445e-22■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 HDGFL2-203ENST00000592417 1349 ntTSL 222.61■■□□□ 1.215e-22■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 HDGFL2-206ENST00000614903 239 ntTSL 522.18■■□□□ 1.145e-22■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 HDGFL2-201ENST00000587016 870 ntTSL 320.68■□□□□ 0.95e-22■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.825e-22■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 HDGFL2-207ENST00000615225 3100 ntTSL 516.74■□□□□ 0.275e-22■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC18.84■□□□□ 0.613e-8■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 ACACA-233ENST00000614450 591 ntTSL 45.06□□□□□ -1.68e-9■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.58e-11■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 PSENEN-203ENST00000591949 833 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.248e-11■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 AD000671.1-201ENST00000591613 1037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.268e-11■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 PSENEN-201ENST00000222266 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.628e-11■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 GLG1-204ENST00000561481 2487 ntTSL 28.92□□□□□ -0.988e-8■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.31e-7■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 HINT2-204ENST00000472085 569 ntTSL 328.62■■■□□ 2.171e-7■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 HINT2-202ENST00000461169 734 ntTSL 225.79■■□□□ 1.721e-7■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 HINT2-206ENST00000474908 2167 ntTSL 1 (best)24.16■■□□□ 1.461e-7■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 HINT2-205ENST00000474848 853 ntTSL 219.55■□□□□ 0.721e-7■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 HINT2-207ENST00000490578 717 ntTSL 215.47■□□□□ 0.071e-7■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 CARS-206ENST00000465240 658 ntTSL 214.65□□□□□ -0.067e-8■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.62e-8■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.572e-8■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 SNX1-203ENST00000558040 774 ntTSL 518.09■□□□□ 0.492e-8■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 SNX1-209ENST00000559961 712 ntTSL 314.34□□□□□ -0.112e-8■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 SNX1-211ENST00000560829 1869 ntTSL 5 BASIC13.39□□□□□ -0.272e-8■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 SNX1-201ENST00000261889 3373 ntTSL 2 BASIC12.33□□□□□ -0.442e-8■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 SNX1-212ENST00000560861 850 ntTSL 312□□□□□ -0.492e-8■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 SNX1-202ENST00000380285 8119 ntTSL 1 (best)8.73□□□□□ -1.012e-8■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 SF3B2-204ENST00000525207 493 ntTSL 210.76□□□□□ -0.694e-8■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 HEPH-201ENST00000336279 4228 ntTSL 1 (best) BASIC8.23□□□□□ -1.092e-6■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 HEPH-202ENST00000343002 4854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.9□□□□□ -1.142e-6■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 HEPH-209ENST00000519389 6013 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.52□□□□□ -1.212e-6■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 HEPH-203ENST00000419594 3694 ntTSL 1 (best) BASIC7.02□□□□□ -1.292e-6■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 HEPH-206ENST00000441993 4310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.94□□□□□ -1.462e-6■■■■■ 31.5
LIN28BQ6ZN17 SEC63-203ENST00000446496 583 ntTSL 421.75■■□□□ 1.078e-10■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 SEC63-205ENST00000460009 482 ntTSL 514.78□□□□□ -0.048e-10■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.944e-12■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.794e-12■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.774e-12■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.764e-12■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 INTS11-243ENST00000532772 1618 ntTSL 516.96■□□□□ 0.314e-12■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.194e-12■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 INTS11-247ENST00000540437 2629 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.184e-12■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 INTS11-201ENST00000323275 2450 ntTSL 1 (best)15.8■□□□□ 0.124e-12■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 INTS11-204ENST00000421495 1868 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.14e-12■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 INTS11-248ENST00000545578 2263 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.064e-12■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 INTS11-210ENST00000458452 2571 ntTSL 214.87□□□□□ -0.034e-12■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 INTS11-214ENST00000470030 2369 ntTSL 514.78□□□□□ -0.044e-12■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 INTS11-212ENST00000462432 2863 ntTSL 1 (best)10.93□□□□□ -0.664e-12■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.334e-9■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 PPM1G-202ENST00000472077 3752 ntTSL 29.1□□□□□ -0.954e-9■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 PIEZO1-203ENST00000419505 1635 ntTSL 1 (best)21.91■■□□□ 1.14e-10■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 PIEZO1-211ENST00000495568 901 ntTSL 211.04□□□□□ -0.644e-10■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 PIEZO1-204ENST00000466823 584 ntTSL 29.48□□□□□ -0.894e-10■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 CBX5-201ENST00000209875 11528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.33□□□□□ -1.562e-7■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 ELP2-218ENST00000541748 674 ntTSL 216.14■□□□□ 0.175e-8■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 ELP2-214ENST00000540766 1049 ntTSL 315.63■□□□□ 0.095e-8■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 ELP2-227ENST00000545302 635 ntTSL 215.4■□□□□ 0.065e-8■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 ELP2-221ENST00000542824 2288 ntTSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.175e-8■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 ELP2-204ENST00000423854 2385 ntTSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.445e-8■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 ELP2-201ENST00000350494 2487 ntTSL 2 BASIC11.57□□□□□ -0.565e-8■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 ELP2-202ENST00000351393 2453 ntTSL 2 BASIC11.03□□□□□ -0.645e-8■■■■■ 31.4
LIN28BQ6ZN17 ELP2-205ENST00000442325 2722 ntTSL 2 BASIC9.61□□□□□ -0.875e-8■■■■■ 31.4
Retrieved 100 of 21,972 protein–RNA pairs in 262.3 ms