Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
CHD3Q12873 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CHD3Q12873 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms