Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD3P31249 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HOXD3P31249 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms