Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
COL4A3Q01955 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
COL4A3Q01955 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms