Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
VPS54Q9P1Q0 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
VPS54Q9P1Q0 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.2 ms