Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC26■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC26■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC25.95■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
VPS53Q5VIR6 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
VPS53Q5VIR6 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms