Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
USP39Q53GS9 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC21.88■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
USP39Q53GS9 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
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