Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SMARCA1P28370 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCA1P28370 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms