Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXD9P28356 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXD9P28356 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47 ms