Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SDC1P18827 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SDC1P18827 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
SDC1P18827 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
SDC1P18827 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SDC1P18827 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SDC1P18827 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SDC1P18827 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SDC1P18827 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SDC1P18827 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
SDC1P18827 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SDC1P18827 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
SDC1P18827 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SDC1P18827 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SDC1P18827 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
SDC1P18827 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SDC1P18827 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
SDC1P18827 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SDC1P18827 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SDC1P18827 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SDC1P18827 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SDC1P18827 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SDC1P18827 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SDC1P18827 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SDC1P18827 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SDC1P18827 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SDC1P18827 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
SDC1P18827 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SDC1P18827 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
SDC1P18827 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.87
SDC1P18827 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
SDC1P18827 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.87
SDC1P18827 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
SDC1P18827 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SDC1P18827 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SDC1P18827 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SDC1P18827 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SDC1P18827 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SDC1P18827 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SDC1P18827 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SDC1P18827 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SDC1P18827 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SDC1P18827 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SDC1P18827 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SDC1P18827 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
SDC1P18827 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
SDC1P18827 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
SDC1P18827 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SDC1P18827 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SDC1P18827 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SDC1P18827 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SDC1P18827 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SDC1P18827 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SDC1P18827 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SDC1P18827 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SDC1P18827 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SDC1P18827 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SDC1P18827 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SDC1P18827 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SDC1P18827 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SDC1P18827 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SDC1P18827 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SDC1P18827 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
SDC1P18827 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42 ms