Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CCDC9Q9Y3X0 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms