Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
LIMD1Q9UGP4 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.1 ms