Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC23.66■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
PCIF1Q9H4Z3 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
PCIF1Q9H4Z3 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16 ms