Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
CCDC3Q9BQI4 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms