Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC17.08■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
RPUSD4Q96CM3 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPUSD4Q96CM3 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms