Protein–RNA interactions for Protein: P34896

SHMT1, Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic, humanhuman

Predictions only

Length 483 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT1P34896 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SHMT1P34896 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHMT1P34896 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms