Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
HOXD3P31249 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
HOXD3P31249 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms