Protein–RNA interactions for Protein: Q8CCB4

Vps53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 832 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps53Q8CCB4 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Vps53Q8CCB4 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Vps53Q8CCB4 Ccz1-201ENSMUST00000031621 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Vps53Q8CCB4 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
Vps53Q8CCB4 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
Vps53Q8CCB4 Slc16a6-203ENSMUST00000070872 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Vps53Q8CCB4 Mtch1-201ENSMUST00000095427 1922 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
Vps53Q8CCB4 Ldb1-206ENSMUST00000152946 2108 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
Vps53Q8CCB4 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
Vps53Q8CCB4 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
Vps53Q8CCB4 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
Vps53Q8CCB4 Reps1-206ENSMUST00000154718 2402 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
Vps53Q8CCB4 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
Vps53Q8CCB4 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
Vps53Q8CCB4 Abhd17a-201ENSMUST00000003436 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Vps53Q8CCB4 Apcdd1-202ENSMUST00000163716 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
Vps53Q8CCB4 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Vps53Q8CCB4 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
Vps53Q8CCB4 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
Vps53Q8CCB4 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
Vps53Q8CCB4 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Vps53Q8CCB4 Crlf1-201ENSMUST00000008032 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Vps53Q8CCB4 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
Vps53Q8CCB4 Gm9397-201ENSMUST00000200125 605 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
Vps53Q8CCB4 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
Vps53Q8CCB4 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
Vps53Q8CCB4 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
Vps53Q8CCB4 Trp53rkb-202ENSMUST00000065753 1375 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Vps53Q8CCB4 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Vps53Q8CCB4 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
Vps53Q8CCB4 Dedd-201ENSMUST00000064950 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Vps53Q8CCB4 Gm45716-202ENSMUST00000134929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
Vps53Q8CCB4 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
Vps53Q8CCB4 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Vps53Q8CCB4 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Vps53Q8CCB4 Ywhah-201ENSMUST00000019109 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
Vps53Q8CCB4 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Vps53Q8CCB4 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Vps53Q8CCB4 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Vps53Q8CCB4 Dmwd-201ENSMUST00000032570 2494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
Vps53Q8CCB4 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
Vps53Q8CCB4 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
Vps53Q8CCB4 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Vps53Q8CCB4 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Vps53Q8CCB4 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
Vps53Q8CCB4 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Vps53Q8CCB4 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Vps53Q8CCB4 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
Vps53Q8CCB4 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
Vps53Q8CCB4 BC037032-205ENSMUST00000187080 508 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
Vps53Q8CCB4 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Vps53Q8CCB4 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Vps53Q8CCB4 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Vps53Q8CCB4 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Vps53Q8CCB4 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
Vps53Q8CCB4 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.91■■■□□ 2.22
Vps53Q8CCB4 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
Vps53Q8CCB4 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Vps53Q8CCB4 Rab40c-201ENSMUST00000026826 2466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Vps53Q8CCB4 Tpst1-201ENSMUST00000040721 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
Vps53Q8CCB4 Dazap1-203ENSMUST00000105362 2081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Vps53Q8CCB4 Ebag9-203ENSMUST00000227691 1945 ntAPPRIS P1 BASIC28.86■■■□□ 2.21
Vps53Q8CCB4 Fam196a-201ENSMUST00000171394 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
Vps53Q8CCB4 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
Vps53Q8CCB4 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
Vps53Q8CCB4 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Vps53Q8CCB4 Vsig8-202ENSMUST00000177086 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Vps53Q8CCB4 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Vps53Q8CCB4 Traf4-201ENSMUST00000017530 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Vps53Q8CCB4 Epb41l4b-203ENSMUST00000095076 6746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
Vps53Q8CCB4 Hoxa13-203ENSMUST00000147595 2395 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
Vps53Q8CCB4 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
Vps53Q8CCB4 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Vps53Q8CCB4 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
Vps53Q8CCB4 Pth1r-202ENSMUST00000166716 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
Vps53Q8CCB4 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
Vps53Q8CCB4 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC28.78■■■□□ 2.2
Vps53Q8CCB4 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Vps53Q8CCB4 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Vps53Q8CCB4 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Vps53Q8CCB4 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
Vps53Q8CCB4 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
Vps53Q8CCB4 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
Vps53Q8CCB4 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
Vps53Q8CCB4 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
Vps53Q8CCB4 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Vps53Q8CCB4 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Vps53Q8CCB4 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
Vps53Q8CCB4 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
Vps53Q8CCB4 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Vps53Q8CCB4 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
Vps53Q8CCB4 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC28.68■■■□□ 2.18
Vps53Q8CCB4 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
Vps53Q8CCB4 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
Vps53Q8CCB4 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Vps53Q8CCB4 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Vps53Q8CCB4 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Vps53Q8CCB4 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Vps53Q8CCB4 Zxda-201ENSMUST00000117281 2621 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
Vps53Q8CCB4 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 88.1 ms