Protein–RNA interactions for Protein: Q5QNQ9

Col27a1, Collagen alpha-1(XXVII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,845 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col27a1Q5QNQ9 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Col27a1Q5QNQ9 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Col27a1Q5QNQ9 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
Col27a1Q5QNQ9 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
Col27a1Q5QNQ9 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Col27a1Q5QNQ9 Kras-207ENSMUST00000203147 817 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Col27a1Q5QNQ9 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
Col27a1Q5QNQ9 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
Col27a1Q5QNQ9 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
Col27a1Q5QNQ9 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Col27a1Q5QNQ9 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC25.95■■□□□ 1.75
Col27a1Q5QNQ9 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
Col27a1Q5QNQ9 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
Col27a1Q5QNQ9 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
Col27a1Q5QNQ9 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Col27a1Q5QNQ9 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
Col27a1Q5QNQ9 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
Col27a1Q5QNQ9 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
Col27a1Q5QNQ9 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
Col27a1Q5QNQ9 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
Col27a1Q5QNQ9 Gm28592-201ENSMUST00000186844 741 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
Col27a1Q5QNQ9 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
Col27a1Q5QNQ9 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
Col27a1Q5QNQ9 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Col27a1Q5QNQ9 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
Col27a1Q5QNQ9 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
Col27a1Q5QNQ9 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
Col27a1Q5QNQ9 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
Col27a1Q5QNQ9 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
Col27a1Q5QNQ9 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Col27a1Q5QNQ9 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
Col27a1Q5QNQ9 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
Col27a1Q5QNQ9 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Col27a1Q5QNQ9 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Col27a1Q5QNQ9 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
Col27a1Q5QNQ9 Pard6a-203ENSMUST00000211888 1179 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
Col27a1Q5QNQ9 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Col27a1Q5QNQ9 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
Col27a1Q5QNQ9 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Col27a1Q5QNQ9 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
Col27a1Q5QNQ9 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Col27a1Q5QNQ9 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Col27a1Q5QNQ9 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Col27a1Q5QNQ9 Gas1-202ENSMUST00000223933 1155 ntAPPRIS P2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
Col27a1Q5QNQ9 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Col27a1Q5QNQ9 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Col27a1Q5QNQ9 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Col27a1Q5QNQ9 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
Col27a1Q5QNQ9 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Col27a1Q5QNQ9 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Col27a1Q5QNQ9 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Col27a1Q5QNQ9 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
Col27a1Q5QNQ9 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
Col27a1Q5QNQ9 Asf1a-205ENSMUST00000219282 1150 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
Col27a1Q5QNQ9 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Col27a1Q5QNQ9 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
Col27a1Q5QNQ9 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
Col27a1Q5QNQ9 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Col27a1Q5QNQ9 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Col27a1Q5QNQ9 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
Col27a1Q5QNQ9 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Col27a1Q5QNQ9 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
Col27a1Q5QNQ9 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
Col27a1Q5QNQ9 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Col27a1Q5QNQ9 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Col27a1Q5QNQ9 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
Col27a1Q5QNQ9 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Col27a1Q5QNQ9 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Col27a1Q5QNQ9 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
Col27a1Q5QNQ9 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Col27a1Q5QNQ9 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
Col27a1Q5QNQ9 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Col27a1Q5QNQ9 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
Col27a1Q5QNQ9 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Col27a1Q5QNQ9 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
Col27a1Q5QNQ9 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Col27a1Q5QNQ9 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Col27a1Q5QNQ9 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Col27a1Q5QNQ9 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
Col27a1Q5QNQ9 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Col27a1Q5QNQ9 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
Col27a1Q5QNQ9 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Col27a1Q5QNQ9 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Col27a1Q5QNQ9 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
Col27a1Q5QNQ9 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC25.47■■□□□ 1.67
Col27a1Q5QNQ9 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
Col27a1Q5QNQ9 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
Col27a1Q5QNQ9 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Col27a1Q5QNQ9 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
Col27a1Q5QNQ9 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Col27a1Q5QNQ9 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Col27a1Q5QNQ9 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Col27a1Q5QNQ9 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
Col27a1Q5QNQ9 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
Col27a1Q5QNQ9 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
Col27a1Q5QNQ9 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Col27a1Q5QNQ9 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
Col27a1Q5QNQ9 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Col27a1Q5QNQ9 Cadm1-210ENSMUST00000214542 899 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Col27a1Q5QNQ9 Pm20d2-201ENSMUST00000098181 1445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.6 ms